在投加循環水滅藻劑時，可采取的方法有連續投加，間歇沖擊投加，又或者是兩者結合。然而，如果是采用連續投加的方式，則需要控制好細菌數量的增加；間歇沖擊投加則可通過大劑量投加，殺滅大量細菌。

　　另外，在投加循環水滅藻劑時，還需要注意其它方面的細節。循環水滅藻劑的加藥點一般是設置在污水處理系統的遠端，如進站來水處（除油罐前）。為了確保注水水質，一般在污水處理的濾后或注水泵進口設加藥點。循環水滅藻劑的加藥量也要嚴格控制，連續式投加循環水滅藻劑的話，開始濃度較高，細菌數量控制下來后，采用相對較低的加藥濃度。有效濃度由室內評價和現場細菌分析確定。